이전부터 연구출판윤리 중대한 위반사항으로 조작, 변조, 표절 등이 거론되었다. 국가나 단체에 따라 저자됨 위반, 신고자에 대한 부적절한 처리 등을 추가해서 위반사항으로 간주하기도 하고, 일부에서는 좀 더 개념을 확대하여 연구를 시작하여 출판할 때까지 과정 전반에 걸쳐 발생할 수 있는 모든 비윤리적인 사항을 중대한 위반으로 보기도 한다.

인터넷을 기반한 지식정보의 전달이 매우 빠르고 일어나고, 활발해진 open access정책은 불특정 다수의 독자로 하여금 학술지를 더 쉽게 접근할 수 있게 만들었다.
일반 대중들은 인터넷을 통해 어떤 학술지가 해당분야에서 학문적인 역량이 있는지, 학술지에 수록된 일부 내용이 기존 논문과 중복되었고, 사용된 통계방법이 적절하게 검증되지 않고 왜곡된 결과를 보여주고 있으며, 결과를 나타내는 그림이 이미지 프로그램으로 변경되었는지 쉽게 알 수 있게 되었다. 이러한 환경변화는 전문가 사이에서만 지켜지던 연구출판윤리에 대한 관심이 이젠 대중의 관점으로 확대되어 기존의 윤리적 관점을 빠르게 변화시키고 있다. 일반 대중은 연구자의 불투명한 연구출판윤리의 단면을 보며 윤리의식이 더 강화되어야 한다는 인식을 하게 되었다. 연구자 집단 내부에서도 기존 발표된 다수의 논문이 동일하게 결과가 재현되지 않으며, 전문가심사의 일부 단점을 들어 기존의 윤리적 기준 이외에 연구과정 전반에 걸쳐 투명성 재고를 위한 방안 등이 강구되어야 함을 제기하고 있다.

2016년에 COPE 창립 20주년과 World Congress of Research Integrity 총회 10주년을 기념하는 학술대회에서 참석자들은 그 동안 많은 노력을 해왔지만 전문가심사는 아직도 부족한 점이 많고 굴지의 학술지에 실릴 정도의 대규모 임상연구마저 재현성이 문제가 되는 점 등으로 미루어 향후 연구출판윤리는 투명성(transparency)과 책임(accountability)에 주안점을 주어야 한다고 합의하였다.
이어서 COPE에서는 기존의 출판윤리와 관련된 항목 이외에 2016년 선언에 상응하여 16가지 항목으로 구성된 “standard of transparency”라는 기준을 발표하여 학술지가 투명성을 확보하기 위해 필요한 항목들을 제시하였다. 이들 항목은 기존 연구출판윤리에 해당하는 내용 이외에도 변화하는 시대에 학술지가 갖추어야 할 기준을 제시하였다는 점에서 큰 의의가 있다. 따라서 각 학술지는 이미 발표된 기준에 미치지 못하는 점이 없는지 확인하고 보완하여야 한다.

또한 최근 발효된 유럽의 General Data Protection Regulation(GDPR)은 모든 부분에서 개인정보보호를 명문화하고, 이의 철저한 준수와 함께 제도 보완을 요구하고 있으며, 개인의 동의가 철회되면 즉시 개인 정보의 사용을 중단하도록 하였다. 이러한 영향으로 이제는 학술지에 개인의 동의없이 가계도나 개인정보가 노출될 수 있는 사진 등을 게재하지 못하며, 게재할 경우에도 완성된 논문의 형태에서 그대로 사용되는 것을 보여주고 동의를 구할 것을 요구하고 있다. 특히 소아의 경우 부모나 법적대리인의 동의를 필수적으로 구하도록 하였다. 학술지는 개인정보가 노출되지 않도록 최선을 다해야 하고 법규정 변화에 따른 미비점을 시급하게 보완하여야 한다. 인체 대상의 임상시험은 시행 자체가 매우 어렵고 많은 비용이 소요된다. 일부 기관에선 어렵게 시행된 연구이고 학술적으로 중요한 가치를 가질 수 있는데도 당사자에게 불리한 자료를 고의적으로 보고하지 않는 경우도 있다. 이를 감안하여 인체를 대상으로 한 중재적 임상연구에서 임상연구자료를 공유하는 data sharing의 개념이 도입되었다. ICMJE는 개인 식별이 불가능한 데이터를 가급적 원활하게 공유하여 공익을 위한 연구가 진행될 수 있는 환경을 조성하고자 하였다. British Medical Journal등을 비롯한 ICMJE학술지는 인체대상 중재적 임상연구에서 개인식별이 불가능한 연구자료의 공유 여부를 논문에 기재하도록 하고 있으며, 이해관계나 연구의 투명성을 강조하는 문장을 표시하게 하여 연구진실성에 대한 신뢰를 강조하고 있다.

변화하는 상황에 맞추어 학술지를 색인하는 Science Citation Index, Medline, SCOPUS등에서는 학술지의 체제 기본 항목 가운데 윤리적 요구사항이 잘 기술되어 있고 시행되는 지 여부를 가입이나 유지 조건의 중요 심사항목으로 두고 있다. 일부에선 정보보호와 관련한 기본 조치 등이 충실하게 이루어지고 있는 지 여부를 확인하여 색인에 유지여부를 결정하고 있다. 결국 학문의 전파가 내용의 공유와 전달을 통한 지식 습득이란 점을 생각해 볼 때 시대의 변화에 대한 요구에 부응하고 국내외 학술데이터베이스의 색인에서 남아있고 계속적인 색인을 원한다면 이러한 투명성 기준 에 맞게 학술지의 구성이 되어있는지 부족한 점은 없는 지 점검하여야 한다. 아울러 학술기관 역시 연구출판윤리의 개념이 변화하고 있다는 사실을 인식하고 이를 대비한 조직이나 제도를 보강하는데 힘써야 할 것이다.