전 국민을 대상으로 구축된 건강보험청구자료, 건강검진자료, 사망자료 등의 공공자료를 보건의료 연구에 적절히 활용할 경우 경제적으로 시의성 있는 임상근거를 생성할 수 있다. 그러나 이러한 공공자료는 해당 기관의 고유 업무 수행을 위해 수집, 보관된 것이기에 단일 기관 자료만을 사용 시 연구변수가 한정되어 있어서 결과 해석이 제한적이다. 따라서 여러 기관이 보유한 자료원을 연계할 경우 한계점이 보완되어 질병의 원인적 연관성, 치료효과 파악 및 보건의료 분야 정책 입안에 필요한 양질의 자료가 산출될 수 있을 것이다. 우리나라는 정보기술 강국으로 전산화된 의료이용자료 및 주민등록번호가 있기에 개별 공공자료원을 이용하거나 연계하여 활용할 수 있는 인프라 측면에서는 선진국과의 경쟁에서 충분히 우위를 점할 수 있다. 그러나 2011년 개인정보보호법이 제정된 이래 지속적으로 강화되면서 환자의 동의가 없는 경우 민감정보 및 고유식별정보의 수집 및 이를 이용한 연구가 어려워 자료원 연계는 거의 불가능한 상황이다.

한국보건의료연구원에서 개원 이후 현재까지 수행한 약 230여 편의 의료기술평가연구 중 약 1/4은 공공자료원을 이용한 연구였다. 그러나 자료원 이용연구 중 대부분은 단일기관인 건강보험심사평가원 혹은 국민건강보험공단의 건강보험청구자료만을 사용하였기에 제한적 변수로 인해 의료기술과 건강결과의 연관성을 파악하는데 한계가 있었다. 이에 따라 2013년 보건의료기술진흥법(이하 진흥법) 26조를 개정하여 국가기관 및 공공기관의 민감정보 및 고유식별정보를 수집하여 연계할 수 있는 법적 근거를 마련하였다. 이후 연구원은 2014년에 공공보건자료원의 연계가능성을 파악하고 활성화 방안을 검토하기 위한 과제를 기획하였으며, 이를 위해 국립암센터, 건강보험공단 및 통계청 자료를 연계한 자료원을 구축하였다. 그러나 자료원을 구축하는 동안에도 끊임없이 개인정보보호법은 개정되었기에 이에 대응하기 위해 진흥법도 개정해야 하는 어려움이 있었다. 또한 진흥법 적용대상은 국가기관 및 공공기관이지만, 시행령에 해당 기관이 없는 경우 진흥법 대상범위에 적용되어도 해당 기관의 자료원을 구득하기 어려웠으며, 기관 간 원활한 협조체계 부족 등으로 연계자료원 구축은 쉽지 않았다.

개인정보를 중요시 하는 선진국에서도 헬싱키선언, Health Insurance Portability and Accountability Act, EU Data Protection Reform 등을 통해 과학적 근거창출이 필요한 경우 공공의 이익을 위해 개인정보를 보호하면서도 공익연구를 활성화시키고 있다.

우리나라도 빅데이터를 활용한 연구를 활성화하기 위해서는 선진국의 경우와 같이 공익적 연구를 목적으로 건강정보를 이용하는 경우 정보주체자의 동의를 면제받을 수 있는 예외규정을 마련하도록 개인정보보호법을 개정하는 것이 필요하다. 다만 이 경우 목적 및 사용자를 좀 더 상세히 규정하고 개인정보 노출의 위험을 최소화하기 위해 기본 원칙준수를 위한 세부지침을 설정하는 것이 전제되어야 할 것이다. 이를 통해 빅데이터 연구는 환자에게 중요한 정보를 제공해줄 뿐 아니라 개인정보도 철저히 보호한다는 점을 개인정보 침해에 우려를 갖는 사람들에게 설득할 수 있을 것이다. 또한, 관련 정부부처의 주도하에 자료원 보유기관 간 자료 활용 활성화를 위한 협력체계 구축이 필요할 것이다. 현재 논의되고 있는 국가 빅데이터센터 설립이나 범부처적인 담당조직을 신설하는 방안도 고려할 수 있을 것이다. 이렇게 실질적으로 빅데이터를 활용할 수 있는 인프라를 마련하여 양질의 연구성과로 연결될 수 있도록 하는 범사회적 노력이 필요할 것이다.