대한의학회에서는 회원학회의 세분화 및 증가에 따라 잠정적인 회원학회의 수를 결정하고, 학술활동을 평가하여야 할 수 있도록 1996년 3월 14일부터 1999년 7월 13일까지 학회 분류 작업을 하였다. 2001년 4월부터 적용한 이 학회분류는 근대의학의 발전과정을 의사학적인 측면에서 고찰하고, 대한의학회와 비슷한 구조를 가진 일본 의학회와 미국을 포함한 유럽의 의학분류 시스템을 점검하고 회원학회 개인회원의 개인정보를 활용하여 모학회와 파생학회 및 초세부 전문학회와의 상관관계를 유추하여 만들었으며 현행 회원학회 인준심사와 학회 학술활동 평가의 초석이 되었다. 학회분류는 학문 영역별로 I~VIII 영역과 전공 세분화 정도에 따라 가, 나, 다 세 군으로 분류하였다. I영역부터 III영역은 기초의학을, IV영역부터 VI영역은 임상의학을, VII영역은 앞의 6개 영역에 속한 학회의 연합적 성격을 갖는 학회, 마지막으로 VIII학회는 유관학회를 배정하였다. 또, 2014년 현재 46개 모학회가 가군으로, 여기에서 파생한 학회 72개 학회와, 재 파생한 학회 34개로 세분화 되어 있다. 시간이 지남에 따라 학회는 더욱 세분화 국제화 되고, 다른 한 편에서는 유사학회가 생기고 있어 이에 대한 통폐합 논의도 나왔으며, 기존 학회의 역할도 조금씩 변화하고 있다. 특히, 과거 학회의 분류 목적이 현재에 와서는 의학회의 분류 목적과 다소 어긋나고, 의학교육·연구는 융합·통합되어 분류기준으로 활용한 과거 교과과정 과목의 의미는 많은 부분 상실되었다. 그 밖에도 학회 분류가 학회 인준이나 학회평가와 연계가 되지 않는 반면, 학술활동 및 학술지 평가항목은 상당 부분 유사하여 통폐합이 필요하다. 대한의학회에서는 2012년부터 기존 학회 분류를 개선시키기 위해 노력하여 왔다. 이미 기존 분류에 의한 정회회원학회는 우리나라에서 정통 의학 학회라는 인식이 되어 있으므로 그 의미는 살리되, 회원학회의 가입·관리·평가에 도움을 주며, 세분화·전문화를 인정하되 같은 성격의 학회는 통합을 권장하는 방향을 갖고 있다. 현재까지 논의된 내용은 지배구조상 평의원학회와 정회원학회를 두고, 아직 정회원 기준에 도달하지 못한 학회는 준회원 학회로 구분하며, 학회 평가에 따른 정회원학회와 준회원학회간 이동을 고려하고 있다. 학문 분야별 분류는 기존 평의원학회를 중심으로 하는 기간학회와, 세부학회, 융합학회 및 연관학회로의 분류를 구상 중이다. 또한, 회원학회 평가기준을 학회 분류에 반영할 수 있도록 2006년에 개정한 것을 재검토 하였다. 2012년과 2013년에 각 회원학회에서 제출한 보고서를 분석하여, 평가에 반영할 항목을 조정하고 있다. 예를 들어, 학회 운영과 관련하여 직원·사무실 등은 평가 항목에서 제외하고, 학회지의 논문심사·용어집 사용·출판윤리 명시항목 등도 삭제하는 대신 ICMJE윤리사항 준수·학술지 정책 등은 새로운 항목으로 추가하며, 발간회수는 게재 편수로 바꾸는 방법 등을 고려하고 있다. 통합학술지를 발행하는 학회에 대한 기준도 정확하게 적용할 수 있도록 개선안을 마련하고 있다. 그 밖에도 보고서 작성이 연속해서 부실하면, 회원학회 인준을 취소한다든지 특정 항목에 값을 넣지 않는 경우 감점 처리도 고려하고 있다. 학회분류와 평가 기준을 개정하는 동안 여러 가지 변화를 시도하지만, 기존 분류와 기준도 많은 노력을 기울여 만든 만큼, 개정 자체가 쉽지는 않다. 하지만, 이러한 개정 노력이 향후 의학회의 발전에 도움이 되기를 바라며, 이 과정에 회원학회들의 많은 관심과 격려를 기대한다.