명예의전당 운영위원회는 지제근, 고윤웅, 조승열, 김성덕, 최종상, 손명세 교수님을 모시고 활동하고 있다. 『명예의 전당』은 의학발전의 기반이 되는 학회의 육성과 발전에 헌신하고 봉사하신 분들의 업적을 기리기 위해 2008년도에 신설하였다. 그 동안 많은 분들께서 학회의 창립자, 대표자 혹은 임원으로서 우리나라 의학 발전을 위해 묵묵히 혼신의 노력을 경주하셨기에 오늘날 우리나라의 의학 발전과 학술 교류 그리고 후진 양성의 튼튼한 밑바탕이 마련되었다고 생각한다. 이에 학회의 리더로서 그리고 대학이나 의료계 주요 기관, 단체의 임원으로 오랜 기간 봉사해 오신 분들의 노고를 치하하고 업적을 기리는 것 또한 대한의학회가 마땅히 해야 할 일이라 판단하여 오랜 기간 논의 끝에 이 사업을 조심스럽게 추진하기 시작하였다. 명예의 전당 등재후보자 심사는 학회에서 추천한 인사와 운영위원회 자체 발굴을 통해 선정 기준에 따라 대상자를 매년 선정하고 있다. 선정 기준은 학술단체의 활동과 업적을 우선적인 선정 기준으로 삼아 명예의 전당에 손색이 없는 인물을 심사숙고하여 선정한다. 그러나 학회에 따라서는 훌륭한 분들이 많아 등재 시기와 등재 순서 등을 고려하여 선정하고 있어 운영의 유연성을 유지하고 있다. 운영위원회는 설립 취지에 적합한 대상자를 선정하기 위해 보다 객관적이고 균형 있는 시각에서 엄정하게 심사하려 노력하고 있다. 2009년도 명예의 전당 제1호 헌정 대상자로 故 윤일선 교수를 처음 선정하여 현재까지 29분(곽현모, 김기호, 김두종, 김명선, 김상인, 김성환, 김세경, 김영택, 나세진, 서병설, 심봉섭, 심상황, 심호섭, 오긍선, 윤치왕, 이갑수, 이기영, 이동식, 이문호, 이선근, 이유복, 이종륜, 전종휘, 정일천, 조동수, 조중삼, 주근원, 홍창의)의 교수님들이 헌정되셨다. 헌정되신 분들의 관련 업적은 의학회 홈페이지 내의 명예의 전당 코너를 통해 영구히 보관하고 있으며, 매년 대한의학회 정기총회 석상에서 그해 등재자를 헌정하는 조촐한 헌정식도 거행하고 있다.