바이엘임상의학상은 국내 임상의학의 지속적인 발전과 이 분야 연구자의 연구의욕을 고취시키기 위해 2004년 대한의학회와 한국쉐링이 공동으로 제정하였다. 제정 당시에는 상의 명칭이 쉐링임상의학상이었으나, 2008년 한국쉐링이 바이엘에 인수합병되면서 명칭이 바이엘쉐링임상의학상으로 변경되고, 그 후 다시 바이엘임상의학상으로 변경되었다.
바이엘임상의학상은 수상 후보자를 타천이나 공모에 의하지 않고, 자체 발굴위원회를 구성하여 수상자를 물색하는 독특한 방식으로 운영하고 있다. 수상자를 공모하지 않고 자체 발굴한다는 것은 의학계의 종주단체인 대한의학회의 역량과 서양의학 도입 한 세기가 지난 우리나라 의학의 성숙함을 보여주는 의미 있는 시도였다. 또 국내의 대부분의 의학상이 SCI에 게재된 논문의 영향력지수를 수상을 위한 중요한 평가대상으로 하고 있는 것과 달리 의료현장에서 환자 치료에 얼마나 도움이 되었는가의 임상기여도를 중요한 평가기준으로 삼고 있다.
제1회 쉐링임상의학상 수상자는 울산의대 외과학 이승규 교수로 간이식 기법을 개발한 공로를 인정받아 수상하였으며, 역대 수상자는 아래와 같다.