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우리는 21세기를 생명과학의 시대라 일컫는다. 굳이 시대별로 그 흐름을 보자면 6-70년대 시작된 화학공학이 기계공학으로, 거기서 전기전자공학으로 이어지더니 급기야 세기를 바꾸면서 생명공학 아니 생명과학 분야 쪽으로 그 흐름이 이어지고 있다고 볼 수 있다. 이러한 학문 조류의 흐름은 먹고 사는 문제의 해결과 함께 자연스레 인간의 생명에 대한 연구로 직접 이어지고 있다고 보아야 할 것이다. 즉, 금세기의 주역인 생명과학은 그 주제가 인간생명임을 암시하고 있음을 두고 하는 말이다. 내용으로 들어가서 좀 더 구체적으로 이야기하자면 결국 생명과학의 내용은 인간의 건강증진과 질병퇴치에 대한 연구가 그 주된 내용이 되어야 할 것이다.
JKMS가 많은 국내 의학 학술지 중에서 모든 분야를 다루는 종합의학 SCI 등재 학술지이기 때문에 투고 논문이 쇄도하여 2009년도에만 1,143편이 투고되었다. 대부분 학술지가 그러하듯이 JKMS도 논문을 출판할 수 있는 공간이 제한되어 있기 때문에 논문의 출판 적체가 매우 심하였다. 심사가 끝나고 게재가 결정된 이후에 원저 논문은 1년 이상, 증례보고는 2년 이상을 기다려야 출판되는 상황이었다. 심사기간을 고려하면 논문투고에서 출판까지 훨씬 더 긴 시간이 소요되어 심각한 문제가 되었다. 이 기간 중에 논문의 원저성이 상실되어 항의하거나 저자들이 JKMS 게재를 철회하는 일이 발생하였다. 특히 좋은 논문, 국제적으로 연구의 첨단 수준에 있는 논문은 이 학술지에 출판하는 것을 기피하는 사유가 되어 학술지로서는 이를 걱정하지 않을 수 없게 되었다. 다시 말하면 이렇게 지나친 적체는 저자와 학술지 모두에게 매우 불리한 상황이고, 특히 학술지가 좋은 논문을 유치하는 경쟁력 확보를 어렵게 하는 수준이라고 판단하였다.
이러한 불리한 상황을 타개하려면 한 호에 출판하는 원고의 수 또는 발행 호수를 늘리거나 거부율을 더 높여서 출판 대상 논문의 수를 줄여야 한다. 간행위원회는 2009년도에 임시방편으로 각 호당 출판하는 원고의 수를 5-10편씩 추가하여 출판을 대기하고 있는 적체 논문을 줄이도록 결정하였다. 그런데 이 방안은 SCI/JCR에서 계산하는 방식에 따라 분모가 커지게 되어 학술지의 인용지수(impact factor)를 낮추게 될 것이다. 그럼에도 불구하고 이 방안을 채택한 이유는 적체 해소가 더 시급하여 인용지수 저하를 감수해야 하는 상황으로 보았기 때문이다. 그리하여 2009년도에는 2008년도 총 200편 게재에 비하여 약 40%가 증가한 279편을 게재하였다.
이러한 임시 증편 발행과 함께 2009년까지 격월간 발행하였던 것을 월간으로 전환하여 간기를 줄이고 연간 12호로 늘려 논문 출판 공간을 더 확보하는 것을 추진하였다. 게재율을 현재대로 유지한다면 이 방안으로 더욱 확실하게 논문 발행 적체를 해소하게 될 것이다. 그렇지만 월간 발행은 연간 6호에서 12호를 발행하는 것이기 때문에 이에 따라 추가되는 발행 비용을 확보해야 한다. 그러므로 2010년도에 발행하는 JKMS 제25권 1호부터 월간 발행하는 것을 목표로 필요한 절차를 취하였다. 무엇보다 대한의학회 제19대 이사회에서 저자부담금(논문게재료)을 인상하기로 결정한 것이 큰 힘이 되었다. JKMS 24권 3호 (2009년도 6월 발행)부터 인상된 저자부담금을 적용하기 시작하였고, 2010년도에 인상된 저자부담금을 기준으로 산출한 바에 의하면 연 12회 간행하는 경우 비용 전부를 충당할 수준은 아니지만 이전에 비하면 대한의학회 재정에서 학술지 발행의 부담이 줄어들 것으로 예상되었다. 이에 힘입어 월간 발행의 가장 큰 걸림돌이던 예산문제가 해소되었고 대한의학회 이사회에서 월간 발행 안건을 예상보다 쉽게 결정할 수 있게 되었다.

JKMS는 2010년도에 발행하는 제25권부터 월간 발행하였다. 즉 25권 1호를 2010년 2월이 아니라 1월에 발행하였다. 이는 JKMS의 발간 역사에 한 획을 긋는 의미가 있다. 세계적으로 유명한 상위권 종합의학 학술지는 주간 발행하는 것들이 많다. 하지만 JKMS의 경우는 가장 많이 발행할 수 있는 한계가 월간으로 연 12호 간행이다. 독자적인 전문 편집인과 인력을 갖추지 않은 채 대학에 근무하는 교수의 겸업으로 편집인을 맡는 체재로 운영하면서 월간 발행한다는 것은 결코 쉬운 일이 아니다. 이는 월간 발행에 따른 업무량의 증가가 편집인과 편집 실무자의 시간을 엄청나게 소모하기 때문이다. 그렇지만 월간 발행하게 됨으로써 JKMS는 국제적인 종합의학 학술지로 필요한 면모를 갖추었다. 격월간에 비하면 더 신속하게 의학 정보를 전달하고 그만큼 논문을 출판하는 공간도 늘어나게 되어 다른 국제적인 종합의학 학술지와 비교하여 경쟁력을 갖출 수 있게 되었기 때문이다.
2009년 8월에 대한의학회 임원과 간행위원회 고문, 위원이 모여서 워크샵을 갖고 JKMS의 발전을 위한 여러 방안을 모색하였다. 이 자리에서 기간행본의 XML 가공, 월간 발행 전환, 저자부담금의 인상 등 2009년도에 결정 시행한 제반 사항에 대한 평가와 함께 현황을 토의 분석하였다. 그리하여 학술지의 발전에 필요한 여러 사항을 논의하면서 분야별 편집과 전문가심사 개선방안 등과 함께 2010년도부터 Open Access Journal(개방학술지)로 학술지의 성격을 규정하여 발간하기로 하였다. 개방학술지란 출판사에서 유료로 정보를 제공하는 서양의 유명 출판사 발간 학술지에 대응하는 신개념의 학술지이다. 즉 이는 저자(또는 기금)가 학술지 발행비용을 대부분 부담하면서 독자에게 무료로 논문의 전문을 제공하면서 해당 학술지가 정해 놓은 수준 안에서 자유롭게 논문을 이용하게 하는 시스템을 갖춘 학술지를 말한다. 특히 미국에서는 NIH가 주도하여 국가의 지원으로 연구하여 생산한 의학 정보를 PubMed Central(PMC, http://pubmedcentral.gov)을 통하여 개방하도록 시행하고 있으며, 학술지 전체 또는 논문 단위로 PMC에 참여할 수 있다. JKMS는 이미 지금까지도 자체 웹(http://jkms.org)과 Synapse(http://synapse.koreamed.org)를 통하여 논문 전문을 무료로 전세계 독자에게 제공하였지만 이는 개방학술지가 아니라 무료학술지(Free Access Journal)에 해당하는 성격이었다. 이제 2010년도부터 월간으로 변경하면서 명실상부한 개방학술지로 학술지의 신분을 그 기준에 맞게 정립한 것이다. 이에 따라서 비상업적 이용(non-commercial attribution)의 개방 수준을 정하고 저자와의 저작권 이양문서와 논문에 이 내용을 명기하기 시작하였다. 또한 미국립의학도서관과 개방학술지로서 PMC 등재 약정을 새로 작성하였다. 이러한 변화는 전세계 독자에게 접근을 쉽게 함으로써 인용 기회를 많게 하면서, 동시에 학술지 재정의 건전성을 확보하게 한다.
현재 상업 출판사에서 발행하는 학술지에 원저 논문 한 편을 출판하면서 특정 논문 하나만 PMC에 개방하기 위하여 대략 3,000달러의 비용을 저자가 부담한다. 개방학술지에 투고하여도 가장 싼 학술지라도 2,400달러 이상의 저자부담금을 내야 한다. JKMS는 이에 비하면 평균 850달러 수준이어서 매우 저렴하다. 이는 발행비의 일부만 저자가 부담하기도 하지만, 발행비 자체가 외국 학술지에 비하여 싸기 때문에 가능하다. 그런 점에서 보면 월간 발행하여 신속하게 정보를 전달하는 SCI 학술지이면서 저자부담금이 다른 국제적인 개방학술지에 비하면 매우 저렴하기 때문에 학술지로서 국제 경쟁력을 높이는 데에 매우 유리하다. JKMS 발행은 대한의학회가 수행하는 공익사업의 대표적인 업무이기 때문에 학술지 발행 비용의 일부는 계속 보조할 것이다. 따라서 JKMS의 인용지수(impact factor)가 2009년도 현재 0.843의 수준인데 1.0 이상으로 올라가게 되면 아시아 지역뿐 아니라 그 외 지역의 저자들에게까지 매력적인 학술지가 될 것으로 기대한다.
JKMS 게재 논문을 SCI등재 학술지가 인용한 현황을 2010년 1월에 집계 분석한 바에 의하면 2004년도 발간 논문 177편이 762회, 2005년도 논문 207편이 899회이고, 2006년도 215편 논문은 602회, 2007년도 240편은 376회, 2008년도 200편이 139회, 2009년도 279편이 16회 인용되었다. 출판하고 4-5년이 지나야 논문 인용이 늘어나는 경향이 뚜렷하였다. 또한 2004-5년도에는 인용이 전혀 없는 논문의 비율이 12% 수준이었는데 논문의 편수가 늘어나면서 이 비율이 늘어날 가능성이 높다. SCI 등재 학술지에서 인용되지 않는 논문의 비율이 2006년도 발간 논문의 21%, 2007년도 33%, 2008년도 60%, 2009년도에 95%로 집계되었다. 2008년도와 2009년도 발간 논문은 시간이 지나야 인용되는 논문의 수가 늘어날 것이지만 2009년도에 출판한 논문의 수가 급증하여 전혀 인용되지 않는 논문의 비율이 높아질 것으로 예상한다.
이러한 학술지 간기와 성격의 변화와 더불어서 2010년 1월부터 목차를 섹션별 편집을 하게 되었다. 이러한 섹션 구분은 독자의 편의성을 높이기 위한 조치이지만 편집하는 입장에서도 매우 편리하다. 장차 섹션별 편집인 제도를 운영하기 위한 준비단계이기도 하다. 아울러 이번 2010년 1월호를 발행하면서 표지 디자인도 변경하였다. 학술지 웹의 기본 디자인을 인쇄본 표지에 적용하면서 국제적인 학술지의 감각에 걸맞게 변경하였다. 이러한 디자인을 장차 내표지, 목차, 각 논문의 표지 디자인에도 반영하여 독자 친화적으로 편집하고자 한다. 그리고 학술지 인쇄본을 지속하여 발행하지만, 점차 웹을 통한 온라인의 비중을 높이는 방향으로 편집할 예정이다.
JKMS가 우리 나라의 의학을 대표하고 있지만 궁극적인 목표는 국제적인 종합의학 학술지로 발전하는 것이다. 또한 우리 나라의 국격에 맞는 학술지로 위치를 공고히 하고 다른 학술지를 선도하여야 한다. 그러기 위해서는 투고자들에게 매력이 있어야 하며 그 매력을 높이기 위하여 편집진이 저자, 독자들과 함께 노력하여야 할 것이다. 월간 개방학술지로 발행하면서 저렴한 저자부담금을 유지하는 것이 우선 그 첫 걸음에 해당한다. 한편, 톰슨로이터스사의 SCI DB에 등재되는 각 의학 분야별 국내 학술지가 늘어나고 있는 데에 따라서 JKMS가 종합의학 학술지로서 이들 분야별 학술지와 차별화되어 독자나 투고자를 지속적으로 확보하는 방안도 장차 강구하여야 한다.