의학발전의 기반이 되는 학회의 육성과 발전에 헌신하고 봉사하신 분들의 업적을 기리기 위해 대한의학회는 2008년 11월부터 『명예의 전당』을 운영하고 있다. 그 동안 많은 분들께서 학회의 창립자, 대표자 혹은 임원으로서 우리나라 의학 발전을 위해 묵묵히 혼신의 노력을 경주하셨기에 오늘날 우리나라의 의학 발전과 학술 교류 그리고 후진 양성의 튼튼한 밑바탕이 마련되었다고 생각한다. 이에 학회의 리더로서 그리고 대학이나 의료계 주요 기관, 단체의 임원으로 오랜 기간 봉사해 오신 분들의 노고를 치하하고 업적을 기리는 것 또한 대한의학회가 마땅히 해야 할 일이라 판단하여 오랜 기간 논의 끝에 이 사업을 추진하기 시작하였다. 명예의 전당 등재후보자 심사는 학회에서 추천한 인사와 운영위원회 자체 발굴을 통해 선정 기준에 따라 대상자를 매년 선정하고 있다. 선정 기준은 학술단체의 활동과 업적을 우선적인 선정 기준으로 삼아 명예의 전당에 손색이 없는 인물을 심사숙고하여 선정한다. 그러나 학회에 따라서는 훌륭한 분들이 많아 등재 시기와 등재 순서 등을 고려하여 선정하고 있어 운영의 유연성을 유지하고 있다. 또한 설립 취지에 적합한 대상자를 선정하기 위해 보다 객관적이고 균형 있는 시각에서 엄정하게 심사하려 노력하고 있다. 이번 2014년도 제6호 『명예의 전당』에 고윤웅, 권이혁, 김기홍, 김병수, 김영명, 김용일, 김채원, 문국진, 박주병, 박찬일, 신정순, 신한수, 양재모, 이영호, 이우주, 조규상, 조승열, 지제근, 한만청 교수를 헌정자로 선정하였다. 2009년도 명예의 전당 제1호 헌정 대상자로 故 윤일선 교수를 선정하여 현재까지 65분의 교수님들이 헌정되셨다. 헌정되신 분들의 관련 업적은 의학회 홈페이지의 명예의 전당을 통해 업적을 소개하고 있으며, 매년 대한의학회 정기총회 석상에서 그해 등재자를 공표하고 있다.